東亞家豬可能的起源區(qū)域及黃河流域野豬被馴化后的群體擴(kuò)散方向示意圖
（神秘的地球uux.cn報(bào)道）據(jù)中國(guó)科學(xué)院古脊椎動(dòng)物與古人類(lèi)研究所：2021年12月11日，《遺傳學(xué)報(bào)（英文版）》（Journal of Genetics and 學(xué)報(bào)系遺Genomics，中科院生物學(xué)大類(lèi)一區(qū)）以研究論文形式在線發(fā)表了中國(guó)科學(xué)院古脊椎動(dòng)物與古人類(lèi)研究所、版古中國(guó)社會(huì)科學(xué)院考古所和陜西省考古研究院共同主導(dǎo)完成的究揭古代東亞家豬線粒體全基因組研究成果。研究獲取了42例來(lái)自于黃河流域的示東史中國(guó)古代豬線粒體基因組數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)有部分類(lèi)型從新石器時(shí)代早期直到現(xiàn)在連續(xù)存在于中國(guó)家豬群體中；全新世以來(lái)，豬母家豬群體具有2次快速的傳歷種群擴(kuò)增現(xiàn)象。這些研究結(jié)果對(duì)理解東亞地區(qū)的遺傳英文A研亞家豬母系遺傳歷史具有重要意義。
動(dòng)物的學(xué)報(bào)系遺成功馴化對(duì)人類(lèi)社會(huì)發(fā)展具有里程碑式的意義，豬是版古最早被人類(lèi)馴化的動(dòng)物之一，在農(nóng)業(yè)社會(huì)中發(fā)揮了重要作用，究揭它也是示東史研究動(dòng)物馴化的重要“模式動(dòng)物”。至少在1萬(wàn)到8千年前，豬母家豬已在安納托利亞地區(qū)和中國(guó)中原地區(qū)獨(dú)立馴化。傳歷古DNA的遺傳英文A研亞研究已證實(shí)安納托利亞的家豬在約8500年前隨著新石器時(shí)代早期的農(nóng)業(yè)人口進(jìn)入歐洲，但進(jìn)入歐洲的家豬不斷與歐洲本地野豬混合，導(dǎo)致歐洲現(xiàn)生的家豬僅保留0-4%的近東祖源成份，顯示出幾乎完全替代的情況。而我們的研究發(fā)現(xiàn)，東亞的情況與歐洲完全不同。
本次研究一共獲取了42例中國(guó)黃河流域古代豬（來(lái)自于陜西：魚(yú)化寨、楊官寨等，安徽：尉遲寺，河北：小里，青海：喇家遺址）高質(zhì)量的線粒體基因組數(shù)據(jù)，時(shí)間跨度為約7500-2500年前。研究發(fā)現(xiàn)遺址中出土的部分中國(guó)古代豬（25%，可追溯到新石器時(shí)代早期）與一些東亞現(xiàn)代的家豬線粒體基因組類(lèi)型一樣。表明它們存在母系遺傳的連續(xù)性，而且至少可以追溯到新石器時(shí)代早期，這一結(jié)果支持黃河流域作為一個(gè)主要的家豬獨(dú)立馴化中心。還發(fā)現(xiàn)古代家豬和現(xiàn)生家豬的線粒體相似度很高，大多數(shù)東亞現(xiàn)代家豬分享較近的線粒體基因組類(lèi)型，并且群體具有很小的遺傳距離值，反映出東亞家豬可能來(lái)源于一個(gè)母系遺傳多樣性本來(lái)就低的祖源群體，也可能與家豬選育的過(guò)程有關(guān)系。
系統(tǒng)進(jìn)化分枝樹(shù)的分析支持湄公河流域（包括中國(guó)西南地區(qū)、越南等地）是東亞大部分家豬群體的祖先群體（野豬群體）的來(lái)源地，這一區(qū)域可能作為末次冰盛期時(shí)的生態(tài)庇護(hù)所，幫助保留了大量的母系遺傳類(lèi)型，所以在所有家豬和野豬群體中擁有最高的遺傳多樣性。通過(guò)古代和現(xiàn)代的線粒體基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行突變率的推算，發(fā)現(xiàn)東亞家豬群體的共同祖先可以追溯到2萬(wàn)年以內(nèi)。全新世以來(lái)，家豬群體有2次較大規(guī)模的母系有效群體擴(kuò)增事件，分別開(kāi)始于大約7000年和4000年前，擴(kuò)增現(xiàn)象與東亞的氣候環(huán)境、外來(lái)農(nóng)畜引入及農(nóng)業(yè)社會(huì)形成與發(fā)展相聯(lián)系。這也反映了家豬的母系遺傳歷史與人類(lèi)社會(huì)發(fā)展的緊密聯(lián)系。
本文通訊作者為中國(guó)科學(xué)院古脊椎動(dòng)物與古人類(lèi)研究所的付巧妹研究員和Andrew Bennett副研究員及陜西省考古研究院胡松梅研究員，第一作者為中國(guó)科學(xué)院古脊椎動(dòng)物與古人類(lèi)研究所的張明博士、劉逸宸博士、博士研究生Jacob D. Gardner，及中國(guó)社會(huì)科學(xué)院考古研究所的李志鵬副研究員和呂鵬副研究員。本研究得到中國(guó)科學(xué)院穩(wěn)定支持基礎(chǔ)研究領(lǐng)域青年團(tuán)隊(duì)計(jì)劃、中國(guó)科學(xué)院戰(zhàn)略性先導(dǎo)科技專項(xiàng)（B類(lèi)）、國(guó)家自然科學(xué)基金等項(xiàng)目的支持。
論文鏈接：https://doi.org/10.1016/j.jgg.2021.11.014
相關(guān)報(bào)道：古DNA研究：東亞家豬萬(wàn)年以來(lái)有2次快速母系種群擴(kuò)增
（神秘的地球uux.cn報(bào)道）據(jù)中新網(wǎng)北京12月13日電（記者 孫自法）：記者13日從中國(guó)科學(xué)院古脊椎動(dòng)物與古人類(lèi)研究所獲悉，由該所和陜西省考古研究院、中國(guó)社會(huì)科學(xué)院考古研究所共同主導(dǎo)完成的古代東亞家豬線粒體全基因組研究發(fā)現(xiàn)，東亞家豬群體的共同祖先可追溯到距今2萬(wàn)年以內(nèi)，大部分源自湄公河流域，全新世(從約1.2萬(wàn)年前開(kāi)始)以來(lái)，東亞家豬群體有2次快速的母系種群擴(kuò)增現(xiàn)象，分別開(kāi)始于大約7000年和4000年前。
這項(xiàng)最新完成的東亞家豬群體古DNA研究成果論文，近日在專業(yè)學(xué)術(shù)期刊《遺傳學(xué)報(bào)(英文版)》(Journal of Genetics and Genomics，JGG)在線發(fā)表，其結(jié)果對(duì)揭示和理解東亞地區(qū)的家豬母系遺傳歷史具有重要意義。
科研團(tuán)隊(duì)介紹說(shuō)，本次研究共獲取42例中國(guó)黃河流域古代豬高質(zhì)量的線粒體基因組數(shù)據(jù)，地點(diǎn)上包括來(lái)自于陜西魚(yú)化寨和楊官寨等、安徽尉遲寺、河北小里、青海喇家等遺址，時(shí)間跨度為約7500-2500年前。通過(guò)研究發(fā)現(xiàn)，這些遺址中出土的部分中國(guó)古代豬(25%，可追溯到新石器時(shí)代早期)與一些東亞現(xiàn)代的家豬類(lèi)型一樣，表明它們存在母系遺傳的連續(xù)性，而且至少可以追溯到新石器時(shí)代早期，這一結(jié)果支持黃河流域作為一個(gè)主要的家豬獨(dú)立馴化中心。
他們還發(fā)現(xiàn)，古代家豬和現(xiàn)生家豬的線粒體相似度很高，大多數(shù)東亞現(xiàn)代家豬分享較近的線粒體基因組類(lèi)型，并且群體具有很小的遺傳距離值，反映出東亞家豬可能來(lái)源于一個(gè)母系遺傳多樣性本來(lái)就低的祖源群體，也可能與家豬選育的過(guò)程有關(guān)系。
科研團(tuán)隊(duì)進(jìn)一步通過(guò)系統(tǒng)進(jìn)化分析，結(jié)果支持包括中國(guó)西南地區(qū)、越南等地的湄公河流域是東亞大部分家豬群體的祖先群體(野豬群體)的來(lái)源地，這一區(qū)域可能作為末次冰盛期(距今約2.65萬(wàn)年至1.9萬(wàn)年)時(shí)的生態(tài)庇護(hù)所，幫助保留了大量的母系遺傳類(lèi)型，所以在所有家豬和野豬群體中擁有最高的遺傳多樣性。
通過(guò)古代和現(xiàn)代的線粒體基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行突變率的推算，科研團(tuán)隊(duì)認(rèn)為，東亞家豬群體的共同祖先可以追溯到2萬(wàn)年以內(nèi)，而全新世以來(lái)，家豬群體有2次較大規(guī)模的母系有效群體擴(kuò)增事件，分別開(kāi)始于大約7000年和4000年前，擴(kuò)增現(xiàn)象與東亞的氣候環(huán)境、外來(lái)農(nóng)畜引入及農(nóng)業(yè)社會(huì)形成與發(fā)展相聯(lián)系，這也反映家豬的母系遺傳歷史與人類(lèi)社會(huì)發(fā)展的緊密聯(lián)系。
據(jù)了解，動(dòng)物的成功馴化對(duì)人類(lèi)社會(huì)發(fā)展具有里程碑式的意義，豬是最早被人類(lèi)馴化的動(dòng)物之一，在農(nóng)業(yè)社會(huì)中發(fā)揮重要作用，它也是研究動(dòng)物馴化的重要“模式動(dòng)物”。目前的學(xué)界共識(shí)為，至少在1萬(wàn)到8千年前，家豬已在亞歐交界的安那托尼亞地區(qū)和中國(guó)中原地區(qū)獨(dú)立馴化。
此前，古DNA研究已證實(shí)安那托尼亞的家豬在約8500年前隨著新石時(shí)代早期的農(nóng)業(yè)人口進(jìn)入歐洲，但進(jìn)入歐洲的家豬不斷與歐洲本地野豬混合，導(dǎo)致歐洲現(xiàn)生的家豬僅保留不超過(guò)4%的近東祖源成份，顯示出幾乎完全替代的情況，而中國(guó)科研團(tuán)隊(duì)這次的最新研究發(fā)現(xiàn)則表明，東亞家豬馴化演化的情況與歐洲完全不同。
作者:百科
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