江東山大熊貓死亡與分解過(guò)程示意圖（引自《Historical Biology》雜志）

大熊貓亞化石分布狀態(tài)（劉宏拍攝）

探險(xiǎn)隊(duì)長(zhǎng)劉宏教授、考古隊(duì)美方成員江妮娜教授及采燕窩的貓古村民楊紹勇在洞內(nèi)討論（吉學(xué)平提供）

古生物學(xué)家現(xiàn)場(chǎng)觀察鑒定（吉學(xué)平提供）

最早的組從中成大熊貓的祖先化石（距今800萬(wàn)年前）—祿豐始熊貓（邱占祥、祁國(guó)琴拍攝，云南1989年）
（神秘的發(fā)現(xiàn)地球uux.cn報(bào)道）據(jù)云南文物考古研究所：大熊貓的祖先起源于云南祿豐的石灰壩古猿化石產(chǎn)地, 曾廣泛分布于華南及東南亞地區(qū)，現(xiàn)存野生種群卻僅在我國(guó)四川、化石陜西、功測(cè)甘肅三省交界的世界首例高山地帶活動(dòng)，是大熊的亞動(dòng)物保護(hù)名錄上的瀕危物種。
2005年，貓古騰沖固?hào)|鎮(zhèn)江東山天然豎井距地表40-60米深處發(fā)現(xiàn)大熊貓骨架,基因 經(jīng)北京大學(xué)第四紀(jì)年代實(shí)驗(yàn)室測(cè)得年代為5000-8000年前，是組從中成云南發(fā)現(xiàn)的最晚的大熊貓化石，因此，云南這一發(fā)現(xiàn)被稱為云南“最后的大熊貓”。
2019年5月9日，中國(guó)地質(zhì)大學(xué)（武漢）生物地質(zhì)與環(huán)境地質(zhì)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室賴旭龍教授領(lǐng)導(dǎo)的研究小組，與德國(guó)波茲坦大學(xué)邁克爾·霍夫瑞特（Michael Hofreiter）教授研究組、云南文物考古研究所所吉學(xué)平研究員、美國(guó)賓夕法尼亞州立大學(xué)江妮娜（Nina G. Jablonski）教授等單位的研究人員合作，歷經(jīng)10余年的準(zhǔn)備和合作研究，在國(guó)際著名刊物《Current  Biology（當(dāng)代生物學(xué)）》上發(fā)表了基于上述發(fā)現(xiàn)標(biāo)本測(cè)試獲得的首例大熊貓古基因組研究成果。盛桂蓮博士為該論文的第一作者和通訊作者，邁克爾·霍夫瑞特Michael Hofreiter教授為該論文的共同通訊作者。
本次研究的大熊貓標(biāo)本是中美合作“云南西部高黎貢山生物多樣性合作研究”項(xiàng)目古生物學(xué)子課題野外考察時(shí)獲得的，2005年云南省文物考古研究所與美國(guó)加州科學(xué)院、哈佛大學(xué)學(xué)者共同組成的調(diào)查隊(duì)在云南大學(xué)地理研究所的探險(xiǎn)技術(shù)協(xié)助下，在騰沖縣江東山天然豎井中的發(fā)現(xiàn)的，5000多年前的一只大熊貓不慎掉入深約61米的洞內(nèi)形成亞化石，由當(dāng)?shù)匕傩找蕴僮訛楣ぞ呦露慈ゲ裳喔C時(shí)發(fā)現(xiàn)，并報(bào)告當(dāng)?shù)匚奈锕芾聿块T，探險(xiǎn)隊(duì)得知這一消息后決定下洞考察。這一發(fā)現(xiàn)表明過(guò)去大熊貓的地理分布范圍要比今天的分布范圍大得多。
古全基因組研究分析表明，這只大熊貓屬于以前未發(fā)現(xiàn)過(guò)的遺傳學(xué)上滅絕的大熊貓種群，現(xiàn)生大熊貓的研究?jī)H能揭示它的直系祖先的歷史，滅絕大熊貓的歷史一直隱藏至今。
對(duì)該基因組的分析發(fā)現(xiàn)，該全新世樣品代表一個(gè)不同于現(xiàn)生大熊貓、現(xiàn)已絕滅的大熊貓遺傳譜系；該譜系與現(xiàn)生大熊貓共同祖先種群的分化，早于現(xiàn)生大熊貓三個(gè)不同地理種群（即：秦嶺種群、岷山種群、邛崍-大相嶺-小相嶺-涼山種群）的形成；該個(gè)體處于所有現(xiàn)生大熊貓種群的根部，其代表的種群與所有現(xiàn)生大熊貓構(gòu)成姊妹群。對(duì)全新世大熊貓與現(xiàn)生大熊貓種群是否存在遺傳交流進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析，結(jié)果表明云南騰沖江東山的大熊貓古代種群與現(xiàn)生大熊貓的各祖先種群存在不同程度的基因交流。由此說(shuō)明，在大熊貓物種演化過(guò)程中，伴隨著其棲息地的退縮，其遺傳多樣性也有所喪失。通過(guò)與現(xiàn)生大熊貓祖先種群的基因交流，云南騰沖江東山的古代大熊貓絕滅譜系的部分基因得以在現(xiàn)生大熊貓基因庫(kù)中幸存。這種雜交遺傳多樣性的可能幫助它們進(jìn)化和適應(yīng)未來(lái)變化的環(huán)境。
在此之前，各合作方曾就包含本研究樣品在內(nèi)的兩個(gè)不同年代全新世大熊貓樣品的線粒體基因組部分基因進(jìn)行了系統(tǒng)發(fā)育分析，結(jié)果顯示：本研究中5000年左右的全新世大熊貓個(gè)體，在線粒體基因水平與現(xiàn)生大熊貓并未發(fā)生分化以形成獨(dú)特的遺傳譜系。但通過(guò)古代大熊貓全基因組測(cè)序及分析，獲得了線粒體基因組更為深入和全面的大熊貓種群信息，為全面系統(tǒng)地構(gòu)建大熊貓種群遷移演化歷史提供更值得信賴的微觀分子數(shù)據(jù)支持。
本項(xiàng)研究得到中國(guó)國(guó)家自然科學(xué)基金、中德科技合作項(xiàng)目, 歐洲研究理事會(huì)，以及美國(guó)自然科學(xué)基金資助。2005年的野外探險(xiǎn)考察，得到了美國(guó)自然科學(xué)基金和云南省科委基礎(chǔ)研究基金的聯(lián)合資助，由云南省文物考古研究所與加州科學(xué)院聯(lián)合組織實(shí)施。
相關(guān)報(bào)道：地大合作測(cè)定首例古代大熊貓全基因組
（神秘的地球uux.cn報(bào)道）據(jù)地大新聞網(wǎng)：中國(guó)地質(zhì)大學(xué)（武漢）生物地質(zhì)與環(huán)境地質(zhì)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室賴旭龍教授領(lǐng)導(dǎo)的研究組，與德國(guó)波茲坦大學(xué)、云南省文物考古研究所等研究人員合作，成功測(cè)定了首例古代大熊貓全基因組。相關(guān)研究成果近日在國(guó)際知名學(xué)術(shù)刊物《當(dāng)代生物學(xué)》上在線發(fā)表。
野生大熊貓的棲息地從古至今急劇退縮，在北起我國(guó)周口店、南至華南大部乃至越南、緬甸的東南亞廣闊區(qū)域留下諸多化石記錄。首例大熊貓古基因組研究樣品系在我國(guó)云南騰沖江東山發(fā)現(xiàn)的全新世大熊貓個(gè)體，放射性碳同位素測(cè)年結(jié)果顯示該個(gè)體生存年代為距今5,025 ± 35年，是迄今發(fā)現(xiàn)的該地區(qū)最晚的大熊貓化石記錄。
研究人員運(yùn)用古DNA實(shí)驗(yàn)方法和新一代測(cè)序技術(shù)，得到了1.2倍覆蓋度的大熊貓全基因組。對(duì)該基因組的分析發(fā)現(xiàn)，該全新世大熊貓樣品代表一個(gè)與現(xiàn)生大熊貓不同、現(xiàn)已絕滅的大熊貓遺傳譜系；該譜系與現(xiàn)生大熊貓共同祖先種群的分化，早于現(xiàn)生大熊貓三個(gè)不同地理種群（即：秦嶺種群、岷山種群、邛崍-大相嶺-小相嶺-涼山種群）的形成，且與現(xiàn)生大熊貓的祖先種群存在基因交流，使得該絕滅譜系的部分基因在現(xiàn)生大熊貓基因庫(kù)中幸存。
論文的第一及共同通訊作者盛桂蓮副教授表示：對(duì)于物種保護(hù)而言，除了種群大小這一參數(shù)，物種的遺傳多樣性是影響其演化存亡的另一個(gè)關(guān)鍵因素。本研究確定大熊貓?jiān)谘莼^(guò)程中喪失了特定的遺傳譜系，付出過(guò)遺傳多樣性降低的代價(jià)；絕滅遺傳譜系中通過(guò)種群雜交滲透到現(xiàn)生大熊貓基因庫(kù)中的少量基因，可能有助于大熊貓?jiān)趯?lái)的演化過(guò)程中更好地適應(yīng)不斷變化的環(huán)境。
本項(xiàng)研究得到中國(guó)國(guó)家自然科學(xué)基金、CSC-DAAD中德科技合作項(xiàng)目、歐洲研究理事會(huì)聯(lián)合基金資助。2005年的野外探險(xiǎn)考察，得到了美國(guó)自然科學(xué)基金和云南省科委基礎(chǔ)研究基金的聯(lián)合資助，由云南省文物考古研究所與加州科學(xué)院聯(lián)合組織實(shí)施。（生物地質(zhì)與環(huán)境地質(zhì)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室）
相關(guān)論文信息：DOI: 10.1016/j.cub.2019.04.021
相關(guān)報(bào)道：世界首例大熊貓古基因組從其亞化石中成功測(cè)序
（神秘的地球uux.cn報(bào)道）據(jù)光明日?qǐng)?bào)（張勇）：日前，中國(guó)地質(zhì)大學(xué)（武漢）生物地質(zhì)與環(huán)境地質(zhì)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室賴旭龍教授領(lǐng)導(dǎo)的研究小組與德國(guó)波茲坦大學(xué)邁克爾·霍夫瑞特教授研究組、云南文物考古研究所吉學(xué)平研究員、美國(guó)賓夕法尼亞州立大學(xué)江妮娜教授等單位的研究人員合作，歷經(jīng)10余年的準(zhǔn)備和合作研究，在國(guó)際著名刊物《Current Biology（當(dāng)代生物學(xué)）》上發(fā)表了基于云南發(fā)現(xiàn)標(biāo)本測(cè)試獲得的首例大熊貓古基因組研究成果。
大熊貓的祖先起源于云南祿豐的石灰壩古猿化石產(chǎn)地，曾廣泛分布于華南及東南亞地區(qū)，現(xiàn)存野生種群卻僅在我國(guó)四川、陜西、甘肅三省交界的高山地帶活動(dòng)，是動(dòng)物保護(hù)名錄上的瀕危物種。2005年，騰沖固?hào)|鎮(zhèn)江東山天然豎井距地表40~60米深處發(fā)現(xiàn)大熊貓骨架，經(jīng)北京大學(xué)第四紀(jì)年代實(shí)驗(yàn)室測(cè)得年代為5000~8000年前，是云南發(fā)現(xiàn)的最晚的大熊貓化石，因此，這一發(fā)現(xiàn)被稱為云南“最后的大熊貓”。
本次研究的大熊貓標(biāo)本是中美合作“云南西部高黎貢山生物多樣性合作研究”項(xiàng)目古生物學(xué)子課題野外考察時(shí)獲得的，2005年云南省文物考古研究所與美國(guó)加州科學(xué)院共同組成的調(diào)查隊(duì)在云南大學(xué)地理研究所的探險(xiǎn)技術(shù)協(xié)助下，在騰沖縣江東山天然豎井中發(fā)現(xiàn)的。5000多年前的一只大熊貓不慎掉入深約61米的洞內(nèi)形成亞化石，由當(dāng)?shù)匕傩找蕴僮訛楣ぞ呦露慈ゲ裳喔C時(shí)發(fā)現(xiàn)，并報(bào)告當(dāng)?shù)匚奈锕芾聿块T，探險(xiǎn)隊(duì)得知這一消息后決定下洞考察。這一發(fā)現(xiàn)表明過(guò)去大熊貓的地理分布范圍要比今天的分布范圍大得多。
古全基因組研究分析表明，這只大熊貓屬于以前未發(fā)現(xiàn)過(guò)的遺傳學(xué)上滅絕的大熊貓種群，現(xiàn)生大熊貓的研究?jī)H能揭示它的直系祖先的歷史，滅絕大熊貓的歷史一直隱藏至今。
對(duì)該基因組的分析發(fā)現(xiàn)，其代表一個(gè)不同于現(xiàn)生大熊貓、現(xiàn)已絕滅的大熊貓遺傳譜系；該譜系與現(xiàn)生大熊貓共同祖先種群的分化，早于現(xiàn)生大熊貓三個(gè)不同地理種群（即：秦嶺種群、岷山種群、邛崍—大相嶺—小相嶺—涼山種群）的形成；該個(gè)體處于所有現(xiàn)生大熊貓種群的根部，其代表的種群與所有現(xiàn)生大熊貓構(gòu)成姊妹群。對(duì)全新世大熊貓與現(xiàn)生大熊貓種群是否存在遺傳交流進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析，結(jié)果表明云南騰沖江東山的大熊貓古代種群與現(xiàn)生大熊貓的各祖先種群存在不同程度的基因交流。由此說(shuō)明，在大熊貓物種演化過(guò)程中，伴隨著其棲息地的退縮，其遺傳多樣性也有所喪失。通過(guò)與現(xiàn)生大熊貓祖先種群的基因交流，云南騰沖江東山的古代大熊貓絕滅譜系的部分基因得以在現(xiàn)生大熊貓基因庫(kù)中幸存。這種雜交遺傳多樣性的可能幫助它們進(jìn)化和適應(yīng)未來(lái)變化的環(huán)境。
在此之前，各合作方曾就包含本研究樣品在內(nèi)的兩個(gè)不同年代全新世大熊貓樣品的線粒體基因組部分基因進(jìn)行了系統(tǒng)發(fā)育分析，結(jié)果顯示：本研究中五千年左右的全新世大熊貓個(gè)體，在線粒體基因水平與現(xiàn)生大熊貓并未發(fā)生分化以形成獨(dú)特的遺傳譜系。但通過(guò)古代大熊貓全基因組測(cè)序及分析，獲得了線粒體基因組更為深入和全面的大熊貓種群信息，為全面系統(tǒng)地構(gòu)建大熊貓種群遷移演化歷史提供更值得信賴的微觀分子數(shù)據(jù)支持。
盛桂蓮博士為該論文的第一作者和通訊作者，邁克爾·霍夫瑞特（Michael Hofreiter）教授為該論文的共同通訊作者。